2017年2月7日，教育部、上海市召开深化上海教育综合改革工作推进会，部市以合作共建等形式，统筹支持上海中医药大学纳入上海高水平地方高校建设，支持加快一流学科建设。
面向国家和区域经济发展任务，面向中医药事业发展和人民健康需求，按照国务院《关于统筹推进世界一流大学和一流学科建设总体方案》要求，坚持以中国特色、世界一流为核心，以立德树人为根本，推动中药学、中医学、中西医结合三大学科达到国内顶尖、世界一流水平，在“健康中国2030”和“健康上海2030”战略中发挥核心骨干作用。
学校将坚定不移地以建设世界一流中医药大学为目标，坚持重点突破与特色发展相统一，建设一流队伍，培养一流人才，产出一流成果。努力构建充满活力、富有效率、更加开放的体制机制，提供可复制可推广、具有中国特色的现代中医药大学办学经验。